O arquivo (.bat) é basicamente um arquivo de automação. E é um arquivo de texto (pode ser criado por exemplo no bloco de notas do windows).
Quando executados eles abres o  (DOS) ou CMD que interpleta o comando e executa uma função dentro dos sistema.
Criando Um .bat inofencivo:
Abra o bloco de Notas
No >Iniciar/todos os programas/acessorios/bloco de notas

Digite :  Shutdown -s -c "Minha Mensagem" <-- Escreva aqui o que quiser!

va  em Arquivo /Salvar como:

Em Nome do arquivo Digite o nome que vc quiser com  .BAT no final

Ex: Desligar.bat

o Comando a cima ira Desligar o  sistema com uma mensagem personalizada.

Todos os comandos  do cmd podem ser executados em um .bat
consulte a lista de comandos de A a Z no centro de ajuda  e Suporte do windows.